Im Sommer 1996 fanden die ersten Gespräche über die Errichtung einer Flughafenseelsorge zwischen der Flughafendirektion Zürich und dem Reformierten Kirchenrat statt. Die beiden Theologen Pfarrer Walter Meier (ref.) und Diakon Claudio Cimaschi (kath.) wurden mit der Ausarbeitung eines Konzeptes betraut, da beide bisher im besonderen mit der Luftfahrt verbunden waren.

Bei allen Beteiligten stand der Wunsch im Mittelpunkt, eine Seelsorgestelle zu schaffen, die ihren Dienst in „ökumenischem Geist“ wahrnimmt. Die Katholische Kirche bekundete hierauf ebenfalls ihr Interesse und beide Kirchen sicherten in der Folge die Finanzierung dieser Spezialseelsorge zu. Am 1. Februar 1997 konnten beide Seelsorger ihren Dienst am Flughafen Zürich offiziell aufnehmen.

Neben dem Pfarramt wurde auch ein Andachtsraum eingerichtet, der rund um die Uhr allen Menschen offensteht. Auf vielfachen Wunsch richtete im Frühling 2009 die Flughafenbetreiberin Unique (heute: Flughafen Zürich AG) in der Non Schengen-Zone einen zweiten Gebetsraum ein, der interreligiöse Prayer Room.

Seit September 2016 ist das neue und aktuelle Seelsorgezentrum im Check-in 2 in Betrieb. Es besteht aus einem Andachtsraum, einem Meditationsraum sowie den Büros der Seelsorger*innen.

Die Flughafenseelsorge bietet ihre kostenlosen Dienste auf vier Ebenen an: Seelsorge beim Personal, Seelsorge an den Reisenden und Asylsuchenden, Angebot an Gottesdiensten und kirchlichen Handlungen (Sakramente und Kasualien), Koordination und Schulung der im Bereich des Notfallmanagements am Flughafen. Sie arbeiten zudem mit den verschiedenen Diensten und Partnern des Flughafens zusammen.

Die Seelsorger*innen stehen allen Menschen – unabhängig von Glaube, Religion und Weltanschauung – für Gespräche und Begegnungen zur Verfügung. Sie wollen sich für eine zeitgemässe Seelsorge (Pastoral) einsetzen, die sich am Evangelium Jesu orientiert und wo die Wertschätzung jedes Menschen, zu jeder Zeit, im Zentrum steht. Das anvisierte Ziel dieses kirchlichen Handelns ist die neue Haltung, nämlich von einer „Komm her-Kirche“ zu einer „Geh hin-Kirche“ zu gelangen.