Im Sommer 1996 fanden die ersten Gespräche über die Errichtung einer Flughafenseelsorge zwischen der Flughafendirektion Zürich und dem Reformierten Kirchenrat statt. Die beiden Theologen Pfarrer Walter Meier (ref.) und Diakon Claudio Cimaschi (kath.) wurden mit der Ausarbeitung eines Konzeptes betraut, da beide bisher im besonderen mit der Luftfahrt verbunden waren (siehe Curriculum Vitae unter „Team“).
Bei allen Beteiligten stand der Wunsch im Mittelpunkt, eine Seelsorgestelle zu schaffen, die ihren Dienst in „ökumenischem Geist“ wahrnimmt. Die Katholische Kirche bekundete hierauf ebenfalls ihr Interesse und beide Kirchen sicherten in der Folge die Finanzierung dieser Spezialseelsorge zu. Am 1. Februar 1997 konnten beide Seelsorger ihren Dienst am Flughafen Zürich offiziell aufnehmen. Mittlerweile gibt es in 39 Ländern auf 148 Flughäfen Seelsorgestellen.
Im Sommer 2000 ist die katholische Seelsorgerin, Andrea Thali, im Halbamt zum Team gestossen. Neben dem Pfarramt im Check-In 1 wurde auch ein Andachtsraum (Chapel) im Check-In 2 eingerichtet, der rund um die Uhr allen Menschen offensteht. Auf vielfachen Wunsch richtete im Frühling 2009 die Flughafenbetreiberin Unique in der Non Schengen-Zone ein zweiter Kultraum ein, der interreligiöse Prayer Room. Die Flughafenseelsorge bietet ihre kostenlosen Dienste auf vier Ebenen an: Seelsorge an den Reisenden und Asylsuchenden, Seelsorge beim Personal, Angebot an Gottesdiensten und kirchlichen Handlungen (Sakramente und Kasualien), Koordination und Schulung der Notfallseelsorge. Sie arbeiten zudem mit den verschiedenen Diensten und Partnern des Flughafens zusammen.
Die Seelsorger stehen allen Menschen – unabhängig von Glaube, Religion und Weltanschauung – für Gespräche und Begegnungen zur Verfügung. Sie wollen sich für eine zeitgemässe Seelsorge (Pastoral) einsetzen, die sich am Evangelium Jesu orientiert und wo die Wertschätzung jedes Menschen, zu jeder Zeit, im Zentrum steht. Das anvisierte Ziel dieses kirchlichen Handelns ist die neue Haltung, nämlich von einer „Komm her-Kirche“ zu einer „Geh hin-Kirche“ zu gelangen.